私は車への価値観の違いだと思います。私もMT車が好きですが現在AT車です。滋賀県在住で自動車は公共機関が発達しておらず、一人一台の地方です。結婚したころ私用の車はMT車、妻用はAT車でした。子供も2人となり私用の車はミニバン（AT車）となりましたが、妻の理解もあり通勤・趣味用としてHondaの自動二輪（MT車）を購入しました。大きな荷物を運んだり雨に濡れては困る時を除き自動二輪で通勤しています（渋滞が多い地域ではないので通勤時間は変わりませんし、月に数回は車通勤しますので会社の駐車料金はかかります）。
さて「楽な方がいい」という考え方のみであればミニバンで通勤していた（している）と思うのですが、そうしない理由を考えますと、やはり運転していて楽しいかどうかが一番の理由だと思います。自動車に乗っていて楽しいなと思う、AT車でもやっている私の楽しみを1つ紹介します。平坦な道を時速50kmで走行していてゆるやかなカーブが来ます。時速50kmのままキープするためにはほんの少しアクセルを踏む必要があります。ハンドルを切るだけでタイヤと道路の摩擦が大きくなるためアクセルを踏まないと減速してしまうのです。こういった一種ゲーム的なことをするためには思った通り車が動くことが非常に重要です。「ハンドルをこの角度切ると時速1km減速するからアクセルを減速しないよう先もって少し踏もう」と考えて運転すること、これは自動二輪を乗る人やMT車にこだわる人には分かって頂けると思います。別の言い方をすれば、
Q「疲れるのになぜマラソンをするの？」
A「楽しいから」
って感じでしょうか？最後に、楽かどうかという考え方であれば「MT車は楽ではない」が「それ以外の価値観でMT車を検討している」と思いますよ。

あえてMTを選ぶ理由としては、ギアを入れ換えるときの快感ではないでしょうか。ただ、楽な方が良いと思っている方は、断然、ATです。登り坂での発進は楽ですヨ。

雪山・ぬかるみで、スタックしたとき、 MTの方がローギアで脱出しやすい。

車との一体感ではないですか？どれだけスムーズになったといっても、MT使いからいわせると加速時や減速時のATのワンテンポ遅れる感じは抜けません。その点MTはダイレクトに反応してくれます。また、上手く走れば燃費稼げますよ。