操作に習熟していれば安全性と経済性の両面でメリットがありますが、それ以前に最愛の方と一台のMT車を楽しむ…。なんともうらやましく、素敵じゃないですか。

【安全性について】
クラッチによる動力の切断が行なえることと、またクラッチを使用していない場面でも、選ばれているギアにより速度域が抑制されていますので、いわゆるコンビニ突入事故のような暴走状態の発生する危険度が極めて低いです。また、予め必要な速度域に合わせてギアを選びますので、正しく操作していれば自然と予測運転が身に付きます。

【経済性について】
MT車は正しく操作すれば長期間不具合なく使え、メンテナンスコストが抑制できます。（MTのHonda車を指定ミッションオイルの交換だけで長年愛用していますが、トラブルは一度もありません。現在の愛車は20万kmを超えても全く問題なく使えています。）積極的にエンジンブレーキが活用できることから、ブレーキパッドなどの消耗も抑えられる傾向にあります。
気になる燃費については…昔はいわゆるオートマチック車に比してMT車は燃費が良いものとされていましたが、現在は技術の進歩でカタログ燃費は逆転していることも多いですね。しかし、実際の使用においてはオートマ車と同等か、MTの方が燃費が良い事も多いですよ。

MT車を選ぶかどうかは車の使用目的とあなたの欲しい程度によると思います。
MT車の面倒な所は発＆停止のシフトチェンジ＆クラッチ操作なので、普段通勤で信号が多い街中を走行するのであればAT車がBestだと思います。
MT車の良い所は何と言っても車を運転している感！でしょう。エンジンと駆動系が直結しているのでAT車の様にラフなアクセル操作だとギクシャクして自然とアクセル操作が丁寧になり、クラッチ操作で発進時には車の重量感を感じる事が出来る為、車とのコミュニケーションがあり、各ギアチェンジでエンジンの0〜100%を出し切る事が出来るので乗る程に車の特性が理解出来、きっと自分が操っている感が日増しに強くなり、車への愛着もAT車とは比べ物にならないくらい湧いてくると思います。又、最近高齢者のアクセル＆ブレーキ操作間違いによる事故がNEWSになって、各自動車メーカーから障害物があると発進しない車なんてのが出てますが、そんな運転をした人やしそうな人はボケ防止も兼ねて周りがMT車を勧めてはいかがでしょうか。

走りの楽しさへのこだわりでしょうね。エンジンの吹き上がりの最良のタイミングでのギアチェンジ、山道などのカーブでのサスペンションの絶妙のタイミングでギアチェンジできることなど…。欠点は渋滞がひどくのろのろ運転の時、クラッチに足をかけることが多いことですね。

車を「操縦している」ということを認識させてくれることですね。
運転に「気持ち」が入るので、安全運転につながると思います。
あとは、機械任せにならないので、自分で速度をコントロールしやすいですし、コントロールができるようになると、運転が楽しくなりますね。
運転が楽しくなると、さらに「操縦している感覚」が強くなるので、より安全に気を遣うようになります。
⇒自分は「安全スパイラル」と呼んでいますｗ

あとは、イザというとき、動力が簡単に切れることでしょうか？
MT は「自分で動かさないと車が動かない」ので、
AT の様な誤操作による暴走事故も起こりにくいのでは？ と思います。

運転の楽しさと満足感ではないでしょうか。

個人的には、7スピードモード・パドルシフト付きCVTで全然問題ないと思っています。おっしゃるとおり楽ですしね。
普段はATと同じ気軽さで運転でき、一方で運転を楽しみたいときでも煩雑な操作はマシンに任せて、自分はステアリング・ブレーキ・シフトタイミングに集中すれば良い訳ですし。
燃費だってCVTの方が良い時代ですから、一般ドライバーレベルでの性能的な比較ではCVTには敵わないでしょう。
それでもMTを選ぶのは、自分の意のままに操っているという楽しさと満足感。これに尽きるのではないでしょうか。そこにはメリットもデメリットも関係ないのです。
これから結婚して子供が生まれて、N BOXとかフリードとかステップ ワゴンとかが購入候補に挙がってくるようになると、MTを選びたくてもそもそもラインナップされてませんし。彼がどうしてもというなら、選べるうちはMTにしてあげてもいいんじゃないでしょうかね？