彼氏の言い分は理解できます。MT車の方が、車を運転しているという実感があるからです。また、一般的にはMT車の方がAT車より若干ですが、燃費はいいんです。

私は、昔からHondaファンで、今は、FIT 13Gの5MTに乗っています。妻は、ストリーム アブソルート（2.0/CVT）に乗っています。私の場合は、MTの方が、運転していて楽しいから、それに燃費が良いから。通常運転で、実質燃費19.5km/L位です。私は、むしろMTの運転の方が楽で、ギヤの間違いによる事故がないと思います。ATは、ブレーキの効きが無機質で好きになりません。今のFITのMTのシフトフィーリングは、すばらしいですよ。カッチとギヤが入る感じで、感動しました。MTは、ギアチェンジの楽しさが、満喫できます。FIT ハイブリッドも乗りましたが、パワーも、運転しやすさも申し分無いのですが、何か面白くないんですよねー。最終的には、男のこだわりですかねー。Hondaの場合、MT＝スポーツカーのイメージですから。

FIT RS 6MTを今年の2月に購入しました。主に通勤（片道20キロ）に使ってます。MTの良いところは、ATやCVTには無い、車を操ってる（時にスポーティ時に燃費重視）感がある事。MTならではのダイレクトな加速感。エンジンを回してるって感じが良い。AT特有の誤発進がほぼ無い、クラッチスタートシステム（クラッチを踏まないとエンジンがかからない）が装備されている等安全でもある事。女性がMTを乗りこなしてるかっこよさ。フィットのクラッチは そんなに重くないので渋滞でも苦になりません。「フィットはマニュアルでしょ！」

私は、結婚して以来、Honda車に乗り続けて40年になります。この間、6台の新車に乗り換えましたが全てMT車です。何故かと言うと…
第1に、車を走らせている『主導権が自分にある』機械に使われているのではなく使っているという実感がある事。
第2に、自分の『ギヤチェンジの技術向上』により、オートマと比較して燃費が格段に良い事。
これが一押しの理由です。
貴方も、ぜひMT車に乗って、これを実感してください！！

マニュアルのいいところ…

う〜ん。
即物的なことだけ言えば、ほとんどないですね。

自分自身、マニュアル車を15年以上乗り続けていますが、渋滞の時は面倒くさいし、クラッチはすり減ると、交換代金が結構かかるし、AT限定免許の友人には運転替わってもらえないし。
レンタカーや社用車、代車も今やほとんどATで、マニュアル慣れしていないと困る…って状況ほとんどありませんし。
そもそもF1ですらいまやオートマ（セミ）の時代ですからね…

でも、それでも自分がマニュアルに乗りつづけているのはズバリ。

『楽しいから』

これに限ります。

運転している実感はATとは比べ物にならないくらいですし、加減速も自分の意志で自由自在。
『移動すること』
『モノを運ぶこと』
より、
『運転自体を楽しむこと』
を優先するなら、断然マニュアルがいいです。

裏を返せば、車は人とモノを運ぶものだと考えているのであれば、マニュアルはやめておいた方がいいかも。
ただただ面倒くさいだけですから。

アドバイスっていうよりは、自分自身の感想みたいになっちゃいましたが、ご参考になれば幸いです。