冷水域を好み、源流と呼ばれる河川の最上流域や山上湖に棲む。総称してイワナと呼ばれるが、複数の亜種がいて、本州で釣れるのは主に「ニッコウイワナ(山梨県~東北地方南部にかけての太平洋側流入河川、および鳥取県~東北地方南部にかけての日本海流入河川に不連続に分布)」か「ヤマトイワナ(相模川以西の太平洋側の河川、琵琶湖の流入河川、紀伊半島に分布)」である。ただし、イワナの分類そのものが決定されていないため、厳密な定義ではない。写真はニッコウイワナで、背中の虫食い模様がはっきりとし、全体に明るい黄色やオレンジの斑点が目立つものが多い。
ヤマトイワナは背中の虫食い模様が不明瞭で斑点も薄く少ないタイプが多い。