エンジンは、PGM-FI採用680cc水冷OHC4バルブ52°Vツイン。低回転域では力強いフラットなトルク特性を発揮し、一方、高回転域では爽快な吹け上がりを実現。ゆとりあるクルージングとスポーツ走行を両立し、新世代のスポーツクルーザーとしての魅力を存分に発揮するパワーユニットとした。また、Vツインならではの鼓動感やボリュームあるマフラーが放つ心地よい重低音、そしてHFTが生み出す作動音。これらが相まって放つサウンドはDN-01ならではのもの。スタイリングとともに、その独自の存在感を主張する。さらに、環境への配慮として、排気ガス再燃焼機構「エアインジェクション」や先進の三元触媒機構「HECS3(Honda Evolutional Catalyzing System 3)」や大容量マフラーなどを採用している。（平成19年国内排出ガス規制適合）