最高出力を9,500rpmで発生する399cm³・水冷直列2気筒エンジン。バルブサイズやボア×ストローク比、ポート形状の検討を重ね、吸・排気の流れを効率化することで、日常の移動で最も使用頻度が高い低・中回転域ではトルクフルで扱いやすく、また高回転域ではパワフルなエンジン特性を実現している。動弁系は、バルブ挟み角、ポート形状、燃焼室形状の設計自由度が高いDOHCとし、摩擦の低減に効果的なローラーロッカーアームやサイレントカムチェーンを導入。さらに、180°位相クランクの採用とともに、バランサーの位置をシリンダーの背面とすることでエンジンの低振動化とコンパクト化を実現。優れた静粛性も叶えている。

マスの集中にも寄与する異型断面ショートマフラーを採用。ツインエンジン特有の低音の効いた歯切れのよい排気サウンドを実現している。