ボートを含む船同士がお互いを真向いに見て近づく場合を「行会い船」といい、海上では、両方の船が舵を右に切ってすれ違う「右側通航」が基本。
また、お互いの進路を横切ることが想定される「横切り船」になった場合は、相手を右に見る側の船に回避行動の義務がある。具体的には、速度を落として進路を相手に譲るか、舵を右に切って、相手船の後方に自分の船を向ける必要がある。これらのルールは海の交通法規の基本を定めた「海上衝突予防法」で決められている。

2馬力ボートで出航する際は、必ず許可されている場所を利用する。漁港のスロープを勝手に利用するといった行為は厳禁で、人気（ひとけ）のない海岸から勝手に出航するといった危険な行為も慎むこと。マイボートの持ち込み利用を受け入れているマリーナや港湾施設が各地にあるので、そういった場所を利用して楽しむ。

海では強風や高波に見舞われると命に関わる事故が発生する。一般にミニボートの場合、風速4m/s以下、波高は0.2m程度が安全に楽しめる目安。大前提として、前日、当日、そして海に出てからも天気予報をチェックし、天候や海況の変化には常に注意を払う。そして、コンディションがよくないときは出航せず、海況が悪くなったときは素早く帰港する。また、夜間や濃霧など見通しが利かない条件下でも出航はしない。

2馬力ボートは、岸からは届かないやや深いエリアを、動力を使って気軽に攻略できるのが最大の魅力だが、遠い沖まで出るための乗りものではない。岸からの釣りと、本格的な船釣りの中間に位置するアプローチなので、天候の急変なども考慮して、岸や出航地が見える範囲（1km程度）を限度として楽しむようにする。

2馬力ボートは、他の大きな船が通った際に発生する引き波を受けるとバランスを崩す恐れがある。また、その小ささゆえ周囲から視認されにくいため他船とは距離を置くようにし、衝突を避けるためのポールと旗を必ず立てる。漁業関係者に近づくのも仕事の邪魔になるため慎み、海水浴やシュノーケリング、ダイビングを楽しむ人の存在にも常に注意を払って、充分に離れることを心がけよう。