自分も質問主と同じ状況で検討してます。通勤で一人乗りで休日はドライブで高速をかっ飛ばす感じで…。維持費を考えると本命が軽自動車で対抗がコンパクトカーです。
自分が検討するとしたら、軽だと、N BOX カスタムのターボSSパッケージ。
コンパクトカーだとフィット ハイブリッド（現行型） いずれもFF車で。
OPとしてインターナビ対応のナビを装着して見積りとると総支払額が変わりませんでした。

自分は税金とかの維持費考えると軽自動車に傾いてます。経験から長距離になるとNA仕様は論外で（まして坂道になるとエンジンが唸りだす…）必然的にターボ仕様一択と思ってます。
N BOX以外だと、次期ライフに興味あり。
他社より一歩遅れてると思うターボ仕様で、アイスト機能等が追加して飛躍的に燃費向上で、更にエコカー減税対象になれば悩まず即購入なんですが(笑)

それか、来月出る次期フィットにとても興味あるので、試乗車出たら乗りに行って増税前まで散々悩んでみます(-_-;)

N-ONEに乗ったことはないですが、他の軽自動車に乗った時は高速が辛かったです。やはり、高速などを考えるとフィットなど、ある程度の排気量がある車が望ましいのではないかと思います。

軽自動車で長距離走って疲労が少ないと思われる現行車種からあえてチョイスするなら、N-ONEのターボモデルです。
NAよりエンジン回転数が少なめで、NAより静かで力強い加速です。
サスは硬めですがシートは柔らかいので、軽のガツガツ突き上げる感覚が少ないです。

しかし、横幅が狭い軽は、路面のうねり、段差や小さなデコボコで揺すられるので、長距離では疲れるかと。
なお、直進安定性はホイールベースがFITより長いので、まっすぐ走る点では運転しやすいです。

どれだけ乗られるかわかりませんが、購入価格、乗り心地、荷物の収納力では、FITのほうが満足度が高い選択だと思います。

具体的な車種の選択というより、長距離を運転して疲れにくい車種というのは得てしてシートが運転される方の身体に合うことのほうが大事ではないかと思うのです。
たとえばあたしの場合、M社やN社、或いはHondaのシートは比較的身体に馴染みますが、T社のシートはことごとく身体に合わず、ほぼ一時間ごとに小休止を余儀なくされます。

また、音の点で言えば、どうしても排気量の小ささ故にエンジンを多く回さねばならない小排気量車は不利ですし、過給機つきのエンジンは独特のノイズが耳障りと言う方もありましょう。2時間とか、長い時間の運転をディーラーの試乗では流石にさせてもらえないでしょうから、些かお金がかかりますが、これから登場する新型車というのでなければ、候補車種のレンタカーを借りて、シートや走行音などが身体に馴染むかどうかチェックしてみるといいでしょう。

個人的には、長距離走行が多いという条件であれば軽自動車はあまりお勧めしません。車体の小ささはどこへでも入っていけそうに思わせますが、心理的な圧迫感がけっこう疲労を呼ぶ物でもあります。

Hondaから選ぶのであれば、もうすぐ新型にチェンジしてしまいますが、今もっとも熟成されているフィットがお勧めです。排気量、ギアボックス、ハイブリッドか否かはお好みでどうぞ。どの仕様を選んでも、新型の方が好みだ、というのでなければ、大きな後悔はないと思います。ただ、ハイブリッドを選ぶのであれば、まっとうなフロアシフトの現行型を強くお勧めいたします。

"コンパクト以下、3名乗車、長距離走行、疲労の少ないとなると軽自動車のハイトワゴンのターボ車ですね。人気のN-ONEはスタイル、走り等、魅力的な車ですが、天井が低いこともあり、旅行で荷物を積むと手狭に感じると思います。割り切って荷物は送ってしまうという手もありますが。その点N BOXはすべてを満たしてくれるように思います。ストレスフリーならターボモデルで、スタイルはノーマル、カスタムで選択できますし。ただ総支払額はそこそこ必要ですので、コンパクトカーの検討もされてはと思います。車両本体も軽ターボモデルよりずっと安いタイプもありますので。となると新型FITですね。燃費、走りにも定評があり、室内も広く、さらには1.3Lモデルの出来栄えが相当良いみたいなので、比較してからでも遅くはないかと思います。
5年トータルでの維持費込みの支払いは、軽ターボ車との比較なら、あまり差がないと思います。