経済的なことを最優先にするのであればN BOX +でしょう。
一方、体格はどうでしょうか？小柄な方なら軽自動車のサイズでも問題ないと思いますが、標準〜ちょっと大きめという方なら、横方向にゆとりをもてるフリード スパイクの方が快適に車中泊できるのではないでしょうか。
フィット シャトルは、車中泊に使用するには『寝室』部分への乗り込みに若干難があるような感じがします。自分も以前エアウェイブでしたことがありますが、乗り降りやドアの開閉を考えるとスライドドアの方がいいと思います。
また、候補には挙がっていないようですが、個人的にはステップ ワゴン(2列目タンブルシート)もいいかな、と思います。自分が大柄であること、全国を回るのであれば荷物もそれなりに必要でしょうし、寝起きするたびに毎回荷物をあっちこっちに移動させる手間が減ること等が理由です。ただ、購入費・維持費は高くなるので、そこをクリアできるかどうかがネックになりますが。
結論として、経済性重視ならN BOX +、快適性重視ならフリード スパイク、予算が許せばステップ ワゴン、『あえて』のこだわりがあればフィット シャトル、ということでいかがでしょうか？

フィット シャトルのハイブリッド＋スカイルーフ付きで決まり！車高が高い車種よりも、セダン同等の車高＋運転視界。沢山の荷物が積めるし、ドライブに疲れたらシートを倒して休憩！スカイルーフがあれば、サンサンと照り付く太陽を浴びながらのドライブ、季節によっては満開の桜を堪能したり、花火、そして夕焼けやロマンチックな星空鑑賞！低燃費でスタイル良し、環境にもお財布にも優しいお勧めの車です！