やはりスパイクでしょう！出来ればハイブリッドを！
自分の愛車もスパイクで、車中泊します。先日は阿蘇まで行ってきました。もちろん車中泊。2人なら十分過ぎるスペースが確保でき快適に過ごせます。但しマットレスは必需品です。

フリード スパイクをお勧めします。
フリードはアウトドア向けに作ってあるので居住性はもちろん、ACコンセントをつければ100ボルトの電源も取れるようになります（これ大事）
ただ私は現行のステップ ワゴンに乗っているのですが、予算の都合があるかもしれませんがオススメです。純正のアクセサリーや、社外品で全ての窓を覆えるカーテンやサンシェード、網戸がありますからすごい便利ですよ。以前はフィットで東京から九州まで車で帰省していたのですが、ステップ ワゴンになってから居住性はもちろん運転が楽になりました！全然違う車になりましたが、参考になれば…。

私ならフリード スパイクを買います！。
車中泊を考えると、3台の候補車の中で、最もフラットなスペースがあり、最も寝やすそうな車だと思うからです。
床に柔らかいマットを引けば最高の寝室となること間違い無しです。
旅にもドライブにも睡眠は大切ですからね！また、フリード スパイクであれば高速道路走行や、長距離走行をしたとしても軽自動車のN BOX +よりは、ドライバーに取ってメリットがあるのではないかなと思います。

奥様と全国を回る。いいですねえ。結論から行きましょ。小生ならどれも選びません。なら何を？STEP WGNです。理由は、確かにお選びになった3車はコンパクトや軽自動車にしては広いです。でも大人2人のスペースは確実につぶれてしまうのです。日本は狭い道が多いですが、それも差し引いてストレスのない移動のことを考えたり、長距離走ったり、いろんなものを積むわけでしょう。それに2人で車中泊もあり得るなら、より広い空間が求められます。ガソリン代？全国回ろうとされてる方に大きな理由になるとは思えません。

N BOX +、フィット シャトル、フリード スパイクのいずれかで車中泊をするとなれば、私であれば迷わずフリード スパイクを選びます。
私自身3列シートのフリードに乗っているのもありますが、フリード系は例の3車種の中で最も空間効率に優れていると思うからです。また、両側スライドドアで荷物の積み降ろしもしやすいです(N BOX +も両側スライドドアですが)。
更に、全国を回るとなれば高速道路を走られる事も予想されます。その際、走りにゆとりのある普通車の方がストレスを感じる事も少なく運転できます。私がフリードに乗っていて思うのですが、運転しても疲れにくいクルマを選ぶ事も大切であると思っています。フリードとフリード スパイクは基本的に同じ構造なので、運転していても疲れにくい事は、スパイクにも言える事です。燃費では3車種中一番下になりますが、ハイブリッド仕様があるため、そちらを選ぶなら話は別です。
一方、フィット シャトルですが、燃費も良く、車中泊も可能ではあると思いますが、個人的には頭上空間が気になります。また、スライドドアでないのも、使いやすさを左右すると思います。
総じて、1.普通車(空間効率に優れハイブリッドも選べる) 2.車中泊を考慮して造られている、3.運転しても疲れにくい、4.使いやすいスライドドア、と、この4つを兼ね備えたフリード スパイクをお勧めします。「ちょうどよさ」を実感してみて下さい。