始めまして！
私の以前の愛車は普通自動車（1300cc・AT）でしたが、軽自動車のN BOXに乗り換えました。
利点をいくつか挙げておきます。
・税金が安い！（タイプによってはエコカー減税・補助金対象車なので、更にお得感が有ります。）
・燃費が良い！（ガソリン代が月に半額程度になりました。走り方にもよると思いますが…）
・室内がとっても広い！（セダンタイプに乗っていたせいか、倍以上の広さ「空間」を感じました）
・装備も充実！（両側自動スライドドアまで付いているではないですか。普通車でも付いていないのが多いのに？）
・安全性！（衝突安全ボディーは当たり前になってしまいましたが、VSA（ABS + TCS + 横すべり抑制）まで付いていました。）
・走行性！（一般道を走行するだけでしたらターボ無しでも問題なく走れます。15年前の1300ccと変わらないくらい走ってるのでは？と感じます。それ以上かも？）
迷う事無く選択できる車でした！
N BOXすごし！！

長距離通勤の使用となると、維持費と運転による疲れにくさがポイントでしょうか。交通事故で軽自動車からフィット ハイブリッドに替えた同僚の話によると、燃費はいいし、運転も楽になったと言っています。

通勤距離、移動距離が長く、車に乗っている時間が長いのであれば、軽自動車よりも普通車、フィット ハイブリッドなんかはいかがですか？　燃費よし、走りよしです。　毎日のこと、距離も長いのであれば疲労も重なるばかり…。　維持費などは軽自動車の方が安いですが、乗車している時間が長いほど、色々なリスクはつき物です。　それらから身を守るのも普通車ではないでしょうか。　最近の軽自動車も素晴しい技術と装備と居住性ですが、にゃんさんのような方は普通車がいいのではないでしょうか？

近場を運転するなら軽自動車もいいと思いますが、通勤距離が長いのであれば、普通車の方がいいのではないでしょうか。自分は、軽自動車→普通車に買い換えましたが、やはり長い距離を運転するときは、普通車の方が楽でした。

今まで軽自動車に乗られていて、どうだったのかを考えてみてはどうでしょうか。
軽自動車と普通車を比較してみた場合、
1.税金面や保険料の面では軽自動車が格段に優遇されています。
2.性能面、居住性・積載性ではやはり普通車に軍配が上がると思います。
3.燃費についても今時の軽自動車は、下手すると普通車よりも悪い場合もあります。
4.街中等の狭い所では軽自動車の方が楽です。
通勤距離がどの位かは解りませんが、疲労度に関しては軽自動車も普通車もさほど差異はないと思います。
私も軽自動車オーナーですが、旅行が好きで岩手から北海道や広島、四国まで行きましたが大丈夫でした。むしろ、知らない街では小さい軽自動車の方が動きやすく感じました。
最終的にはご本人が決める事と思いますが、参考にして頂ければと思います。