ベルギー人ライダーStephan Mertensとフランス人Jean-Michel Mattioliの世界耐久チャンピオンシップの勝利により、4ストロークRC45に、より世界的な成功をもたらす。
Miguel DuhamelはUSスーパーバイクタイトルを、Aaron Slightと岡田忠之は鈴鹿8時間耐久レースに勝利。
青木治親は、RS125でGP125での相次ぐ勝利

Mick Doohan、Alex Criville、Luca Cadalora、Alex BarrosとNSR500は、GP500ワールドチャンピオンシップで上位4位を独占、NSR500はGP15戦のうち13戦に勝利。
青木治親が2度目のGP125タイトルを獲得。
Miguel DuhamelはRC45でデイトナ200に勝利。
岡田忠之の乗るNSR500Vツインが、GPデビュー戦でポールポジション獲得。
Stefan EvertsがCR250で、翌年への連勝に繋がる250MX世界タイトルを獲得。
Jeremy McgrathとCR250は、4連続でUSスーパークロスタイトルを獲得、ホンダは他に例を見ない9連続王座の活躍。

Mick Doohanはスクリーマー点火順序を装備したNSR500で、自身4度目となるGP500タイトルを獲得。
Doohan、岡田忠之、青木宣篤、Alex Crivilleの乗ったNSR500、そして青木拓磨の乗ったNSR500Vと、ホンダマシンがシーズン上位5位を独占。NSR500はGP全15戦に勝利。
ホンダは10度目となるプレミアクラスコンストラクターズワールドチャンピオンシップを獲得。
Max Biaggiがホンダに加入、NSR250でGP250に勝利。
NSR500V市販バージョンの販売開始。
RC45は引き続き4ストロークレースを席巻、John Kocinskiがワールドスーパーバイクタイトルを獲得、日本人スターライダー伊藤真一と宇川徹が鈴鹿8時間耐久レースで優勝。
Stefan Evertsは250MXタイトルを堅持。

強力なMick Doohanに再び導かれ、NSR500ライダー達は、ポイント争いの末、GP500ワールドチャンピオンシップ上位5位を独占。
HRCは新しい2軸クランクのNSR250を発表、宇川徹が250ワールドチャンピオンシップで4位を獲得。
RC45はさらなる成功を収め、Doug PolenとChristian Laveilleが世界耐久選手権で勝利、伊藤真一と宇川徹が鈴鹿8時間耐久レースで2年連続優勝、Ben BostromがUSスーパーバイクの栄冠を獲得。
池ノ谷保男が代表取締役に就任。

Mick Doohanが負傷により欠場した後も、寡黙なスペイン人ライダーAlex CrivilleとNSR500がホンダ史上10度目となるGP500チャンピオンシップを獲得。
Emilio AlzamoraとRS125RはGP125チャンピオンシップを獲得、ホンダに10度目となるGP125ライダーズチャンピオンシップをもたらす。
岡田忠之とAlex Barrosが鈴鹿8時間耐久レースに、Miguel Duhamelがデイトナ200に、著しい成功を収めたRC45で勝利。