今回CR250Rのエンジンは、幅広い回転域で力強い燃焼力を発揮させる定評の排気孔制御機構(CRVシステム)を継承しながら、シリンダーの排気ポート幅を狭くすることで、低・中回転域でのトルク特性を向上させるとともに、キャブレターのメインボアをφ38mmからφ38.3mm相当へと楕円化することによって、高回転域での出力特性を向上させている。
　CR125Rには、従来同様エンジン回転数に応じて排気タイミングを変化させ、力強い燃焼が得られるホンダ独自のH・P・P(ホンダ・パワー・ポート)機構を装備し、今回排気から掃気へのリードタイミングの変更に加え、エンジン回転数に応じて最も適した点火時期を供給するデジタル点火制御システムを採用。さらにピストンの軽量化によってレスポンス性を向上させるとともに、ピストンリングのラッククリアランスを詰めることで、吹き抜けを低減させるなど、低回転域から高回転域まで幅広い回転域で力強い出力特性としている。

　車体・足廻りは、従来同様軽量・コンパクトで剛性に優れたボックスタイプのフレームに、倒立型フロントフォークとデルタ式プロリンクリアサスペンションを組み合わせて装備。今回、フロントサスペンションのカートリッジピストンを大径化(φ25mm→φ28mm)するとともに、CR250Rはフロントフォークのインナーチューブを大径化(φ43mm→φ46mm)し充分な剛性を確保することで、悪路走破性を向上させている。
　また、リアサスペンションの減衰力調整機構の圧側アジャストを低速側と高速側にそれぞれ独立させることで、ライダーの好みに応じた幅広いセッティングを可能としている。
　さらに、リアクッションの上下の取付け部のピロボールと両サイドのカラーを一体化することで、メンテナンス性を向上させている。

　ハンドルは、ゆとりのあるライディングを可能とするためグリップ位置を10mm前方へ移動し、さらにCR250Rは、ステップ位置を5mm下方へ移動することで、不整地での積極的なライディングを可能にしている。
　ブレーキは、前・後ともに油圧式ディスクブレーキを装備。フロントには、従来同様の2ポットキャリパーに加えて、膨張張力の高いケブラー繊維を採用したブレーキホースを採用し、入力に対してリニアな制動フィーリングを実現するとともに、飛び石などからディスクプレートやパッドを保護するディスクカバーを採用することによって、過酷な状況下でも充分な制動力を確保している。
　カラーリングは、ニュークリアレッド(蛍光色)を基調に、ホワイトとブラックを効果的に配した精悍なイメージとしながら、“CR”のロゴに蛍光色のイエローを採用することで、一段と軽快で躍動感溢れるものとしている。