フットブレーキを操作するだけで前・後輪が連動するコンビブレーキシステムに、ABS機能を組み合わせた「コンバインドABS」を標準装備。車体のピッチングを低減するとともにタイヤロックを回避し、より安定した車体コントロール性と制動性能を実現する。ブレーキ本体は、フロントに対向ピストン6ポットキャリパー＋φ320mmフローティングダブルディスク、リアに2ポットキャリパー＋φ276mmディスクを装備。

※コンビブレーキシステムはあくまでもブレーキ操作を補助するためのシステムであり、前・後輪のブレーキを同時に操作することがブレーキングの基本です。ABSは制動距離を短縮させるためのシステムではありません。ABSはあくまでもライダーのブレーキ操作を補助するシステムです。したがって、ABSを装備していない車両と同様に、コーナー等の手前では十分な減速が必要であり、無理な運転までは制御できません。ABS作動時はキックバック（揺り戻し）によってシステム作動を知らせます。
※VFR1200F Dual Clutch Transmissionにはパーキングブレーキが標準装備されています。